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1. Mir Incontra Cid Kramer nel Garden per chiedergli di affidargli due SeeD allo scopo di indagare sulle esplosioni azzurre e su un antico tempio di Centra.

2. Cid chiama Jean che si presenta a Mir.

3. Arriva infine anche Krysta che si dimostra un vero asociale.

4. Clio ha una specie di sogno in cui riceve messaggi confusi dal pianeta e da Aeris. Quando si risveglia nel laboratorio della Shinra, scopre che tutte le piante e gli animali che stava studiando sono morti.

5. Jean, Mir e Krysta si preparano ad andare a Timber come prima tappa

6. Al Garden di Galbadia c'è fermento per via dei vari avvistamenti delle esplosioni azzurre. Dodonn, venuto a sapere della missione appena iniziata dal Garden di Balamb, decide di inviare un suo SeeD. Valentine si offre volontaria.

7. Clio viene convocata da Heidegger, ed assieme a Leng interroga Odine, appena catturato dalla Shinra. Odine spiega ogni cosa sul dispositivo dimensionale

8. Valentine raggiunge Mir, Jean e Krysta a Timber.

9. Heidegger fa rapporto a Gabriel Shinra, il quale annuncia i suoi piani di conquista interdimensionali. Viene dato ordine di usare il P84.

10. Prima di poter partire da Timber verso F.H. il gruppo capitanato da Jean viene a sapere di una strana esplosione azzurra vicina e decide di indagare. Arrivati sul luogo avvistano Nibelheim, una città che sul loro pianeta non dovrebbe esistere.

11. Gevurah osserva Jean e il suo gruppo mentre si avvicinano a Nibelheim. Già progetta quale sarà il loro ruolo nel futuro che ha pianificato.

12. Jean & co. arrivano a Nibelheim e parlando con gli abitanti scoprono che nessuno di loro sa nulla del loro pianeta. 

13. Anche nel mondo della Shinra arriva notizia dell'intersezione dimensionale. Leng e Clio partono alla volta di Nibelheim con un Gelnika.

14. Un'esplosione azzurra trasporta Waltz n° 3 a Nibelheim. Jean & co. lo affrontano e lo sconfiggono.

15. Mir finalmente capisce che si trovano in un altro mondo.

16. Clio e Leng arrivano. Avviene il primo incontro tra SeeD E Shinra.

17. Leng capisce subito che gli stranieri vengono da un altro mondo. Si fa spiegare la situazione e con la scusa di volerli aiutare si unisce alla loro spedizione verso il macchinario dimensionale.

18. Utilizzando il Gelnika il gruppo passa di nuovo per l'intersezione e si dirige direttamente ad Esthar.

19. Jean e Mir incontrano Laguna e gli spiegano quello che hanno scoperto sulle esplosioni azzurre.

20. Finalmente il gruppo parte via auto alla volta dello scavo archeologico dove hanno parzialmente disotterrato l'antico tempio di Centra.

21. All'arrivo vengono accolti da un Abadonn. Ne segue uno scontro da cui escono vittoriosi.

22. Comincia la spedizione all'interno del tempio. E' strapieno di mostri.

23. Raggiungono il macchinario, ma Mir si ricorda per la prima volta di menzionare il cristallo che serve per fermarlo. Leng scopre così che non ce l'hanno loro e propone di cercarlo.

24. Compare Deviltaur, un mostro proveniente da una dimensione ignota. Una breve discussione rivela che sono gli "uomini" la causa del suo forzato trasferimento. Decide di attaccarli ma viene sconfitto.

25. I SeeD e Mir sono indeboliti a causa del recente scontro. Leng decide di approfittarne per ucciderli, così da assicurarsi che nessuno prenda possesso del macchinario prima della Shinra.

26. Durante lo scontro Leng rivela di essere stato potenziato con cellule di Jenova. Clio che dovrebbe in teoria aiutarlo si ribella. Leng infine viene ucciso.

27. Il gruppo ritorna ad Esthar da Laguna, dove Clio viene interrogata e rivela che Odine è nelle mani della Shinra.

28. Mir dichiara di volere andare a salvare Odine. Anche se inizialmente riluttanti gli altri alla fine accettano di aiutarlo.

29. Tanto per confermare che il povero Odine ha bisogno di immediato soccorso, la scena si sposta a Midgard dove Odine parla con il dottor Talos e va in visibilio mentre esamina i vari resoconti degli esperimenti effetuati dalla Shinra.

30. Sul punto di partire Jean &co vengono avvisati che truppe Shinra stanno dando l'assalto a Timber. Decidono quindi di aiutare la contro-offensiva prima di dirigersi a Midgar per salvare Odine. Per la missione Laguna gli presta una Lagunarock.

31. Arrivati nei pressi di Timber il gruppo comincia una serie di operazioni stealth per sabotare le trincee nemiche e raggiungere il centro di comando alleato.

32. Incontro a Timber con Squall che dirige le operazioni e impartisce ordini a Jean &co.

33. La battaglia volge a favore di Timber e dei SeeD, ma arriva Wedge con il P84, che pur da solo si dimostra inarrestabile.

34. Jean &co con molta fatica riescono a bloccare temporaneamente il P84. Si riprende poco dopo, ma Wedge essendo un codardo ordina la ritirata.

35. La ritirata era però un finto ordine e Wedge ordina di nuovo l'assalto prendendo di sopresa Jean &co, già esausti. Lo scontro volge a favore del P84, ma improvvisamente compare Bahamuth a soccorrere gli eroi.

36. Bahamuth informa Mir che un enorme raggio energetico sta per investire Timber (si tratta del Sister Ray). Jean &co salgono in groppa al drago e fuggono prima dell'imminente impatto. Timber viene distrutta, il P84 viene colpito, ma anche se fuori uso comincia a rigenerarsi.

37. Gabriel è molto contrariato quando viene a sapere che Leng è morto e che Clio è passata al nemico. Da ordine che venga uccisa assieme ai suoi nuovi compagni.

38. Jean &co decidono quindi di partire per Midgar, non solo per salvare Odine ma anche per scoprire qualcosa di più sul P84 e su come fermarlo.

39. In una dimensione ignota Gevurah incontra Gogo e lo avvisa che presto incontrerà Mir (un mortale che non muore). Si tratta di uno dei molti preparativi che presto metterà in atto.

40. Jean &co fanno tappa a Nibelheim. Li fanno una terribile scoperta. Tutti gli abitanti sono stati massacrati. Un superstite descrive loro lo strano uomo vestito di nero (Gevurah) che ha fatto tutto ciò.

41. Jean &co decidono di infiltrarsi nel palazzo della Shinra usando Bahamuth e un incantesimo che li rende invisibili.

42. Non passa molto prima che gli infiltrati vengano scoperti. Suonano gli allarmi ovunque. Covenant, il Comandante dei Soldier, decide di intervenire personalmente

43. Jean decide di affrontare Covenant da solo mentre gli altri proseguono la missione.

44. Nel Frattempo i Turk Lara e Nial si mettono sulla strada degli altri. Questa volta Krysta e Valentine decidono di tenerli occupati mentre Clio e Mir proseguono.

45. Jean dopo aver costretto Covenant alla ritirata raggiunge Krysta e Valentine che ormai hanno sconfitto i Turk. Insieme continuano a creare azioni diversive per tenere occupati molti soldati Shinra.

46. Mir E Clio trovano Odine, che però non ne vuole saperne di andare con loro essendo impegnato in un importantissimo espirimento. Mir conclude che gli hanno fatto il lavaggio del cervello e con le lacrime agli occhi lo colpisce violentemente sulla testa. Con Odine svenuto sottobraccio comincia la fuga.

47. Il gruppo si riunisce ma sulla loro strada ritornano per fermali Nial e Turk. Infinite ci si mette di mezzo anche Covenant e di nuovo Jean rimane indietro per affrontarlo. Jean all'ultimo secondo si getta nel vuoto, ma Bahamuth è pronto a coglierlo al volo. L'intero gruppo di eroi riesce infine a fuggire.

48. Fatto ritorno sulla Lagunarock il gruppo discute con Odine per decidere come agire per trovare il cristallo dimensionale. Purtroppo l'intersezione dimensionale è svanita e pertanto devono trovare un altro modo per tornare al mondo dei SeeD.

49. Odine aiutato da Mir riesce a creare un dispositivo per prevedere dove accadranno imminenti esplosioni azzurre. L'idea è di sfruttarle per viaggiare tra le dimensioni.

50. Il sistema funziona, ma invece di finire nel mondo dei SeeD finiscono in una dimensione vuota. Si tratta in realtà della dimensione in cui era stato intrappolato il terribile Doom Gaze. Lo vedono brevemente prima di "farsi dare un passaggio" da un'altra esplosione azzurra per andarsene da li. Mir vedendolo grida il suo nome prima di svenire.

51. Fortunatamente questa volta finiscono nella dimensione giusta. Bahamuth decide di indarsene per la sua strada, ma prima spiega a Jean chi è Doom Gaze e che se dovesse tornare per l'umanità non ci sarebbe alcuna speranza.

52. Di nuovo ad Esthar per fare rapporto a Laguna, ma la città finisce sotto attacco da una miriade di creature provenienti da un'altra dimensione.

53. In mezzo alla confusione il gruppo incontra Gevurah. Attirati da questa strana figura lo seguono. Ma Gevurah possiede la capacità di prevedere le esplosioni azzurre. Conduce il gruppo come un pifferaio magico verso diversi varchi finché non arrivano a Dollet, che lui chiama "il teatro del destino".

54. A Dollet Gevurah aveva già compiuto la stessa strage avvenuta a Nibelheim. Il gruppo lo affronta ma senza successo, la disparità di potere è enorme. Gevurah li sconfigge ed esattamente come da sue previsioni 5 esplosioni azzurre avvengono in quel punto in quell'istante trasportando ognuno verso 5 diversi luoghi, luoghi in cui Gevurah era già stato ed effettuato i preparativi necessari.

55. Jean finisce nel Proto-Universo in cui era stato inrappolato Lucifero. Lucifero manipola quel luogo per far rivivere a Jean l'evento traumatico della perdita della sua amata. Jean supera la prova e entra in unione con Lucifero per sfuggire dal Proto-Univero e tornare da dov'era venuto.

56. Krysta finisce in un Proto-Universo dove ancora non esiste nessuno. Inconsciamente manipola il Lifestream presente per creare a sua volta eventi nei suoi ricordi. Krysta così rivive la sua storia e quella dei suoi genitori. Il suo subconoscio genera inoltre un GF, specchio della sua anima oscura, che chiama Mellon. Assieme al potere di Mellon da fine al Proto-Universo e ritorna a Dollet.

57. Similmente a Krysta Clio finisce in un Prot-Universo vuoto, dove affronta in maniera diretta i suoi ricordi e le sue paure. Finisce per combattere con una copia esatta di se stessa, ma infine inconsciamente riesce a distruggere il Proto-Universo e a tornare. Da quell'esperienza, sfruttando i ricordi di Aeris riesce a creare copie della Materia Bianca e della Materia Nera.

58. Mir finisce nel Proto-Universo in cui già esisteva Gogo. Gogo si diverte a torturarlo facendogli rivivere un passato che ha da lungo dimenticato mille anni prima quando ancora era Lars. Mir quindi ricorda ogni cosa, recupera le memorie di Lars e la minaccia che costituisce Doom Gaze. Infine convince Gogo a seguirlo e insieme terminano il Proto-Universo per far ritorno a Dollet.

59. Valentine è l'unica a finire in un universo vero e proprio. Li intraprende un'avventura personale per liberare il mondo in cui è finita da un terribile tiranno. Si scopre infine che il tiranno è in realtà un GF di nome Grudger che ha preso sembianze umane. Valentine lo sconfigge ma al tempo stesso fa di lui un alleato.
Un'esplosione azzurra trasporta entrambi indietro a Dollet.

60. Nel frattempo Gabriel Shinra e Heidegger hanno fatto una scoperta straordinaria: un'enorme astronave reliquia di un'antica civiltà intergalattica, trasportata da chissà dove dall'ennesima esplosione azzurra. Al suo interno una "colonna di luce" costituisce la fonte di potere, e secondo le analisi degli scienziati contiene in essa l'energia di un'intera galassia.

61. Il gruppo di eroi fa finalmente titorno al Garden di Balamb. Jean fa rapporto a Cid, e gli altri si riposano in attesa di decidere su come procedere.

62. Krysta si allena con Zell al centro di addestramento e lì si scontrano con un'impertinente Artemis.

63. Nel frattempo Bahamut incontra un vecchio RubRum Dragon e gli comunica il suo desiderio di radunare un esercito di draghi per affrontare l'imminente guerra contro la Shinra.

64. Gabriel Shinra e Heidegger intano discutono sui preparativi per agganciare il Sister Ray all'astronave aliena da loro rinominata "Shinra Ark".

65. Jean viene convocato in presidenza dove Cid Kramer gli comunica che una nuova intersezione dimensionale si è aperta vicino a Winhill. L'esercito Shinra si è però mosso in fretta e l'ha già conquistata.

66. Prevedendo imminenti attacchi ai Garden di Balamb e di Galbadia il gruppo si divide in due. Jean, Mir e Valentine partono per il Garden di Galbadia al finite di fornire il loro aiuto per fermare l'assalto. Clio e Krysta rimangono al Garden di Balamb.

67. A Krysta viene affidato il compito di organizzare la difesa del Garden di Balamb. Ne suguono molteplici scene di combattimento su vari fronti, con Artemis e Clio che difendono le loro postazioni dagli invasori. Krysta si ritrova ad affrontare nuovamente il P84. Questa volta però in lui si verifica un cambiamento e con sorprendente facilità sconfigge la sua nemesi costringendo Wedge e l'armata Shinra a ritirarsi.

68. Sul fronte del Garden di Galbadia, Jean, Mir e Valentine devono affrontare un gruppo meno numeroso ma formato dai guerrieri d'elite Soldier capeggiati da Covenant. Mir però non è più lo stesso dal ritorno dal Proto-Universo e parte all'assalto da solo contro l'esercito nemico, mandando in fumo la strategia di Dodonn e Jean di attaccare da una posizione difensiva. Ne sugue un massacro sia di Soldier che di SeeD. Jean per la seconda volta affronta Covenant e lo sconfigge.

69. Nonostante le sconfitte, Gabriel Shinra esulta poiché la Shinra Ark è finalmente pienamente operativa. Madogal, il capo dei Turk, fa la sua entrata in scena. Assieme a Lara e Nial gli viene affidato il compito di recuperare il cristallo dimensionale.

70. Valentine, avendo scoperto delle sue ali angeliche, fugge spaventata dal Garden. Jean e Mir decidono di andare a cercarla e la seguono nei meandri della tomba del Re senza nome. Covenant però arriva prima di loro e rapisce una Valentine confusa e indebolita.

71. Nel frattempo Clio ha preso la decisione di andare ad Icicle (suo luogo natale) per verificare diverse cose riguardo ai suoi ricordi. Krysta decide di andare con lei e insieme sfruttano le ali Bahamuth per il viaggio. Arrivati ad Icicle si ritrovano a combattere con l'ennesimo mostro extradimensionale.

72. Negli alloggi personali di Covenant a Midgar, il Capo dei Soldier spiega a Valentine il suo piano di usarla per umiliare il suo nemico e costringerlo a fare un passo falso. Valentine respinge le sue "avance", Covenant ride affermando che sarà solo questione di tempo, con un incantesimo le cancella la memoria.

73. Talos e Heidegger discutono sul fallimento del P84. Il soldato che doveva essere perfetto è stato sconfitto con facilità. Talos però promette che con le opportune modifiche il P84 uscirà vincitore la volta successiva.

74. Jean e Mir vagano nel deserto sulle tracce di Covenant, da quelle parti sanno esserci una nuova intersezione dimensionale. Fortunatamente incontrano Bahamuth, di ritorno da Icicle. Lo convincono a portarli a Midgar.

75. Ad Icicle Clio raggiunge la sua vecchia casa e lì trova una lettera lasciatale da suo padre dove egli le spiega ogni cosa sui Cetra, su Gevurah e sulla tremenda minaccia che egli costituisce. In quel frangente Rayn compare e per la prima volta dopo tanto tempo lui e Clio si rincontrano. Rayn spiega brevemente a Clio diverse cose sul suo passato e sulla ragione dei suoi continui viaggi. Ora che entrambi combattono contro la Shinra, Rayn promette di autarla.

76. Mir e Jean arrivati a Midgar attraversano lo slum e diversi problemi mentre cercano di raggiungere i piani alti dove si trova Valentine. Nel mentre si accorgono dell'enorme Shinra Ark, grande più della stessa Midgar che levita proprio sopra le loro teste.

77. Mir e Jean raggiungono Valentine, che però non ricorda più nulla e si dimostra ostile nei loro confronti. Arriva Covenant, sghignazzante, che da ordine a Valentine di attaccarli. Non volendo contrattaccare Jean ha presto la peggio. Ma Valentine vedondolo sanguinante ritorna in se e non solo. I suoi poteri angelici si manifestano e una volta sconfitto Covenant scappano.

78. Gli eroi si riuniscono tutti al Garden di Balamb e di lì a poco un'enorme esplosione azzura molto più potente del solito avviene dalle parti del Garden di Trabia, e pur tuttavia le onde d'urto e la luce arrivano fino da loro. Odine, anche lui sul posto, afferma che la causa è il cristallo dimensionale che è appena tornato sul pianeta da chissà quale dimensione, Comincia la corsa per recuperarlo.

79. L'esplosione è stata avvertita anche nel mondo della Shinra, poiché di fatto il cristallo è comparso nel Northern Crater ed è solo tramite un'intersezione dimensionale che l'esplosione è stata avvertita fino a Balamb. Madogal e i suoi uomini partono alla ricerca.

80. I due gruppi si incontrano nel Northern Crater. Dopo alcune schermaglie Madogal propone una temporanea tregua, poiché la priorità è recuperare il cristallo prima che sparisca di nuovo chissà dove. Jean accetta, ma rimane circospetto. Si dividono in tre gruppi, di cui uno composto dai tre Turk. Ma quest'ultimi in realtà si mettono all'inseguimento di Jean avendo Madogal notato che possiede uno speciale contenitore per il cristallo.

81. Jean trova il cristallo, e lo pone al sicuro nel contenitore. Madogal a quel punto esce allo scoperto ma prima che la battaglia abbia inizio, compare Gevurah.

82. Gevurah facilmente si appropria del cristallo. Lo fa fondere direttamente nelle sue carni e così facendo acquisisce la facolta di controllare il crescente fenomeno delle esplosioni azzurre. Consci del fatto che una nuova potente super-esplosione sta per avvenire, Turk e SeeD cominciano la fuga dal Northern Crater. Infine la fusione dimensionale tra il mondo dei SeeD e quello della Shinra ha inizio.