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PRIMO LIBRO:

• Mir e Odine seguono gli scavi di un antico tempio di Hyne recentemente scoperto.
• Odine già possedeva informazioni da altre fonti che in quel tempio si trovava una macchina per viaggiare tra dimensioni, inoltre possedeva il cristallo dimensionale per attivarla.
• Odine di nascosto si intrufula all'interno e attiva la macchina, ma viene immediatamente inviato in un'altra dimensione.
• L'attivazione della macchina causa la destabilizzazione di tutte le dimensioni e il fenonomeno delle "esplosioni azzurre" sconvolge il mondo dei SeeD e di quelli limitrofi. Il tempio di Hyne viene invaso da mostri provenienti da altre dimensioni.
• Mir decide di andare al Garden di Balamb e chiede il supporto dei SeeD affinché lo scortino all'interno del tempio. Cid affida il compito a Jean e Krysta.
• Il Garden di Galbadia vuole avere un ruolo nella spedizione per fare chiarezza sullo strano fenomeno delle esplosioni azzurre e invia Valentine per unirsi a Mir e agli altri. Si incontrano a Timber.
• Nel frattempo Odine è stato recuperato dalla Shinra e rivela tutto quello che sa. Il Presidente Gabriel vuole impossessarsi della macchina dimensionale e invia Clio e Leng per investigare su un'intersezione dimensionale recentemente scoperta vicino a Nibelheim.
• Mir e il suo gruppo notano l'intersezione e decidono a loro volta di investigare e così si incontrano con Leng e Clio.
• I 6 quindi partono tutti assieme per il tempio di Hyne e arrivati di fronte alla macchina Leng attacca i SeeD già esausti per i recenti combattimenti. Secondo i piani Clio dovrebbe dare una mano a Leng, invece si rivolta contro di lui. Leng infine viene ucciso.
• Il gruppo fa tappa ad Esthar dove Clio spiega tutto quello che sa. Nel frattempo la Shinra ha mosso le sue armate contro Timber facendo uso dell'intersezione.
• Il gruppo decide di andare a Timber per combattere gli invasori. Il P-84 fa la sua prima comparsa. Alla fine Timber viene distrutta dal Junon Cannon e il gruppo si salva solo grazie all'intervento di Bahamut.
• Il gruppo si imbarca quindi in una missione per "liberare" Odine, a Midgar nel quartier generale della Shinra. La missione ha successo. I turks Nial e Lara così come Covenant, il comandante dei Soldier, fanno la loro prima comparsa.
• Ad Esthar Odine spiega per bene tutto quello che sa, ma viene interrotto da un attacco improvviso da un nemico sconosciuto. Gevurah si rivela per la prima volta ai 5 eroi. Egli ha un piano per ciascuno di loro e li attira verso un'esplosione azzurra e poi via via tra varie dimensioni.
• Ognuno dei personaggi principali viene spedito in dimensioni e protodimensioni separate dove incontrano potenti creature con cui si alleano per tornare indietro.
• La Shinra decide di attaccare il Garden di Balamb e quello di Galbadia, gli eroi si dividono su entrambi i fronti, Artemis si aggiunge al gruppo. Il P-84 e Covenant vengono nuovamente sconfitti.
• Nel frattempo una colossale astronave abbandonata arriva nel mondo della Shinra tramite un'esplosione azzurra. La Shinra ne ottiene subito possesso e decide di utilizzarla come arma. All'interno il velivolo contiene un'enorme riserva di energia condensata che viene valutata essere pari a quella di un'intera galassia.
• Covenant rapisce Valentine, Jean e Mir tornano a Midgar per salvarla, ma Valentine praticamente si salva da sola rivelando che il suo corpo è fuso con quello di un "angelo".
• Clio fa un viaggio verso Icicle dove scopre di più sul padre, un Cetra, e sul come sia morto nel tentativo di fermare Gevurah. Lì reincontra Rayn, il vecchio amico di suo padre, anch'esso alla caccia di Gevurah e nemico giurato della Shinra.
• Il cristallo dimensionale viene localizzato nel Northern Crater. Gli eroi si dirigono immediatamente sul luogo ma lì incontrano i Turk Nial e Lara di nuovo, ma il capo dei Turk, Madogal, è con loro.
• Alla fine è Gevurah che ottiene il cristallo e la prima fusione dimensionale ha inizio.

SECONDO LIBRO:

• Il mondo dei SeeD e quello dei Soldier si sono fusi assieme, e passano diversi giorni prima che lo shock del cataclisma con violente tempeste e terrremoti si calmi del tutto.
• Artemis ha una sua mini avventura dove ottiene un potente Guardian Force.
• Valentine incontra il capo degli Angeli, custodi delle dimensioni, e riceve informazioni su quello che sta accadendo così come sulla necessità di fermare Gevurah.
• Nel frattempo Doom Gaze, una specie di divinità artificiale creata dai draghi per combatter contro gli umani, si libera dalla sua prigionia (poiché le barriere dimensionali si infrangono) e raggiunge il mondo dei SeeD. Lì raduna i draghi per muovere guerra contro gli uomini ancora una volta.
• Mir viene avvertito da Bahamut e in cuor suo sa che è la fine. Jean lo sprona a spiegargli chi è Doom Gaze e decide di andare ad affrontarlo, ignorando gli evvertimenti di Mir sull'assoluta impossibilità di poterlo sconfiggere.
• Il gruppo affronta Doom Gaze, ma sono come moscerini che tentano di attaccare un elefante. Perdono tutti miseramente e Mir viene ucciso.
• Il gruppo porta il corpo di Mir al Garden di Balamb dove viene seppellito, ma non viene dato loro tempo di dargli un addio come si deve. La squadra di Jean, su raccomandazione del padre, viene scelta per una missione di infiltrazione nella immensa astronave, equipaggiata col Junon Cannon, che la Shinra sta muovendo contro di loro.
• Le intere armate di Galbadia, Esthar e dei tre Garden si scontrano col l'enorme astronave della Shinra. I draghi si uniscono all'attacco, ma finiscono per combattere contro entrambe le fazioni umane, portando la situazione ad uno stallo.
• All'interno della astronave la squadra di Jean affronta il P-84 e Covenant, sconfiggendoli definitivamente. Il Junon Cannon viene sabotato prima che possa sparare di nuovo, il Presidente Gabriel viene fatto prigioniero, mentre Madogal, Nial e Lara fuggono.
• Il padre di Jean aveva progettato di usare un'arma di distruzione di massa, recentemente sviluppata, contro l'astronave, allo scopo non solo di sconfiggere il nemico presente ma anche di dimostrare la potenza di Galbadia ai vecchi rivali. Il Presidente di Galbadia tuttavia da ordine di annullare il lancio all'ultimo momento.
• La squadra di Jean viene recuperata e portata a Galbadia City. Lì vengono acclamati come eroi e iniziano i preparativi per una festa in loro onore a cui verranno conferite medaglie al valore dal Presidente di Esthar in persona.
• Il padre di Jean, nonostante sia stato portato in una prigione militare, fa convocare il figlio e gli affida l'incarico di assassinare il presidente. Gli fa capire che in caso contrario ucciderà Valentine della quale nel frattempo si è innamorato. Al fine di distruggerlo nella mente e nello spirito gli rivela che è stato lui ad orchestrare la sua prima fallimentare missione in cui morì Leya, il suo primo amore.
• Jean finge di accettare l'incarico, ma durante la cerimonia in cui dovrebbe sparare al presidente, decide invece di attaccare all'improvviso i seguaci del padre sventando il loro colpo di stato. La battaglia si protrae a lungo ma alla fine i SeeD ne escono vittoriosi, grazie anche all'aiuto di Rayn.
• Jean si dirige immediatemente verso la prigione dove il padre, avuta notizia del fallito colpo di stato, si sta preparando alla fuga. Jean sventa quel tentativo e il padre viene spedito in un carcere di massima sicurezza dove si trova anche il presidente Shinra.

TERZO LIBRO:

• Mir si risveglia. Salta fuori che in realtà il suo vero nome è Lars e ha vissuto per migliaia di anni. Durante la missione per sigillare Doom Gaze sarebbe dovuto morire, ma Seila, una delle tre streghe, altera il rituale, infondendo in Lars una parte del potere di Doom Gaze. Ciò gli salva la vita, ma lo rende anche incapace di morire, così come Doom Gaze stesso. Col tempo impazzisce, avendo perso tutto ciò che aveva caro, finché la sua psiche rimuove tutti i suoi ricordi passati. Sotto la nuova identità di "Mir", era riuscito a tornare ad una vita normale.
• Mir impazzisce di nuovo, avendo recuperato i ricordi ed essendo soggetto all'influenza di Doom Gaze dato che si trovano nella stessa dimensione. In quel suo stato si convince che l'unico modo per porre fine alla tragedia è l'eliminazione di ogni essere umano dal pianeta, così come Doom Gaze desidera.
• Mir attacca il Garden di Balamb al suo risveglio e poi fugge cavalcando uno dei draghi fedele a Doom Gaze.
• I draghi nel frattempo attacano diversi insediamenti umani, Mir è con loro.
• Jean e Mir si affrontano a Winhill, dove nessuno dei due ne esce vincitore.
• Bahamut si rivolge a Krysta per aiutarlo a fermare la follia di Mir. Ne segue un'epica battaglia tra i cieli tra i due guerrieri e le loro cavalcature alate. E' in quel frangente che Mir si rende conto che c'è qualcosa di tremendamente potente e malvagio in Krysta. Per riuscire a non venire sconfitto usa una delle sue potenti bombe che getta entrambi in fin di vita.
• Nel frattempo Rayn riesce a trovare un vecchio drago disposto a rivelargli il segreto di Doom Gaze, ma è disposto a parlare solamente a Bahamut. Rayn quindi contata Jean che assieme a Bahamut si avvenura in un'antica caverna dei draghi dove scopre il metodo per uccidere Doom Gaze.
• Doom Gaze ha finalmente recuperato le sue forze e lancia un'offensiva su larga scala contro Esthar. Le intere armate di tutti gli eserciti umani dei due mondi affrontano il nemico, ma Doom Gaze è inarrestabile.